La compartimentazione è una delle caratteristiche delle cellule eucariotiche e diversi processi biochimici possono essere suddivisi in base alla struttura spaziale. L'analisi al microscopio e alla spettrometria di massa può essere utilizzata per analizzare il proteoma di diversi organelli, ma è ancora difficile utilizzare direttamente questi due metodi per identificare l'interattomica in molti compartimenti intracellulari.
Al fine di identificare gli interactomi in diversi compartimenti nelle cellule umane, il 2 giugno 2021, il gruppo di ricerca Anne-Claude Gingras del Lunenfeld-Tanenbaum Institute in Canada ha pubblicato un documento intitolato Una mappa di biotinilazione dipendente dalla prossimità di una cellula umana, Una mappa di cellule umane è stato stabilito mediante biotinilazione di marcatori adiacenti.
Ilbiotina-metodo di etichettatura di prossimità dipendente può essere utilizzato per descrivere l'ambiente intracellulare occupato dalle proteine nella cellula. Ad esempio, la tecnologia BioID utilizza la biotina ligasi BirA* (* significa mutante), che contiene una mutazione del sito R118G, che può essere utilizzata come"esca" fondersi con la proteina bersaglio ed espressa in cellule coltivate o in un sistema multicellulare. in. La proteina biotinilata può quindi essere catturata dalla streptavidina e la proteina interagente può essere analizzata mediante identificazione con spettrometria di massa. Poiché il diametro medio della proteina globulare è di 5-10 nm, il raggio di etichettatura di questa tecnologia può etichettare direttamente la biotina con la proteina che interagisce. Attualmente, la tecnologia BioID è stata utilizzata con successo per definire la composizione di molti diversi complessi proteici, l'identificazione del legame di membrana e l'organizzazione spaziale degli organelli privi di membrana.
Per identificare ulteriormente il proteoma che interagisce nelle cellule viventi umane, gli autori hanno utilizzato la tecnologia BioID per etichettare 234 proteine intracellulari in 32 diversi componenti cellulari come"esca" catturare proteine interagenti per stabilire La struttura dell'organizzazione proteica nelle cellule umane viventi. Ogni proteina esca sarà marcata con BirA*, e quindi sarà stabilita una linea di espressione stabile di cellule HEK. Confrontando le proteine interagenti identificate con il controllo negativo, gli autori hanno valutato l'affidabilità dei fattori di interazione rilevati. Un totale di 192 marcatori proteici candidati ha superato la valutazione della qualità e sono state identificate un totale di 35.902 interazioni. Fattore di azione.
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